| Scandagra Eesti AktsiaseltsRegistrikood 10188677 | Teravilja, töötlemata tubaka, seemnete ja loomasööda hulgimüük | 1997 | 148 927 639 € | 107 | ei kajastu |
| aktsiaselts Viljandi Aken ja UksRegistrikood 10052966 | Puituste ja -akende tootmine | 1996 | 96 327 569 € | 536 | ei kajastu |
| Viljandi Tarbijate ÜhistuRegistrikood 10249309 | Peamiselt toidu, jookide või tubakatoodete spetsialiseerimata jaemüük | 1997 | 50 050 685 € | 194 | ei kajastu |
| Cleveron ASRegistrikood 11405467 | Mujal liigitamata üldmasinate ja mehhanismide tootmine | 2007 | 28 558 321 € | 117 | ei kajastu |
| OÜ Print BestRegistrikood 10842489 | Muu trükkimine | 2002 | 23 080 235 € | 157 | ei kajastu |
| Aktsiaselts KolmeksRegistrikood 10314018 | Elektrimootorite, -generaatorite ja trafode tootmine | 1997 | 20 264 000 € | 119 | ei kajastu |
| AS Roger PuitRegistrikood 10106076 | Metsavarumine | 1996 | 18 440 245 € | 25 | ei kajastu |
| Delux Production OÜRegistrikood 14033842 | Mööbli (v.a madratsite) tootmine | 2016 | 17 312 555 € | 138 | ei kajastu |
| Aktsiaselts VMT TehasedRegistrikood 11285494 | Metallkonstruktsioonide ja nende osade tootmine | 2006 | 16 986 541 € | 129 | ei kajastu |
| Aktsiaselts Hansa CandleRegistrikood 10131803 | Muu mujal liigitamata tootmine | 1996 | 16 251 176 € | 72 | ei kajastu |
| Osaühing Dold PuidutööstusRegistrikood 10104976 | Muude puitplaatide tootmine | 1996 | 16 027 381 € | 126 | ei kajastu |
| aktsiaselts EleväliRegistrikood 10274158 | Elektri- ja sidevõrkude ehitus | 1997 | 15 125 105 € | 38 | ei kajastu |
| Paragon Sleep ASRegistrikood 10250287 | Kodutekstiilide, nt voodipesu, rätikute, kardinate jms tootmine | 1997 | 12 493 428 € | 158 | ei kajastu |
| Aktsiaselts ESPAK ViljandiRegistrikood 10276200 | Muude ehitusmaterjalide ja -tarvete jaemüük | 1997 | 11 921 392 € | 49 | ei kajastu |
| Osaühing Bed Factory SwedenRegistrikood 11133916 | Mööblitootmine | 2005 | 10 611 176 € | 103 | ei kajastu |
| Aktsiaselts VMT EhitusRegistrikood 10215641 | Elamute ja mitteeluhoonete ehitus | 1997 | 9 260 427 € | 41 | ei kajastu |
| OÜ AirokRegistrikood 10900160 | Tööstusgaaside tootmine | 2003 | 8 067 939 € | 37 | ei kajastu |
| Gren Viljandi ASRegistrikood 10021049 | Auru ja konditsioneeritud õhuga varustamine | 1996 | 7 938 688 € | 35 | ei kajastu |
| Tulundusühistu Ühinenud SeafarmidRegistrikood 14444427 | Elusloomade hulgimüük | 2018 | 7 817 188 € | 0 | ei kajastu |
| Sveba-Dahlen Baltic OÜRegistrikood 10552054 | Toiduaine-, joogi- ja tubakatööstusmasinate tootmine | 1999 | 7 742 689 € | 51 | ei kajastu |
| Osaühing Silindia EhitusRegistrikood 10721829 | Elamute ja mitteeluhoonete ehitus | 2001 | 7 044 080 € | 31 | ei kajastu |
| Metsamaahalduse AktsiaseltsRegistrikood 10052156 | Metsavarumine | 1996 | 6 796 110 € | 6 | ei kajastu |
| Osaühing LeigolaRegistrikood 10902531 | Puituste ja -akende tootmine | 2002 | 6 665 502 € | 62 | ei kajastu |
| aktsiaselts NETTRegistrikood 10400775 | Puituste ja -akende tootmine | 1998 | 6 121 081 € | 58 | ei kajastu |
| Baltest Mööbel OÜRegistrikood 11101460 | Mööbli (v.a madratsite) tootmine | 2005 | 6 075 265 € | 51 | ei kajastu |
| aktsiaselts Mivar-VivaRegistrikood 10033087 | Kodutekstiilide, nt voodipesu, rätikute, kardinate jms tootmine | 1996 | 6 027 049 € | 96 | ei kajastu |
| OÜ Toru-JüriRegistrikood 10071047 | Rauakaupade, ehitusmaterjalide, värvide ja klaasi jaemüük | 1996 | 5 800 312 € | 30 | ei kajastu |
| aktsiaselts VMT BetoonRegistrikood 10083671 | Kokkupandavate betoonehitiste ja nende elementide tootmine | 1996 | 5 753 347 € | 39 | ei kajastu |
| osaühing EneraRegistrikood 10810378 | Elektri- ja sidevõrkude ehitus | 2001 | 5 644 314 € | 22 | ei kajastu |
| Osaühing ReaalprojektRegistrikood 10765904 | Ehituslik insener-tehniline projekteerimine ja nõustamine | 2001 | 5 536 016 € | 63 | ei kajastu |
| ON24 AktsiaseltsRegistrikood 10998873 | Spetsialiseerimata jaemüügi vahendusteenus | 2004 | 5 509 118 € | 21 | ei kajastu |
| Trafox Eesti OsaühingRegistrikood 10703719 | Elektrimootorite, -generaatorite ja trafode tootmine | 2000 | 5 492 597 € | 69 | ei kajastu |
| Rethink Beds OÜRegistrikood 16537593 | Mööbli (v.a madratsite) tootmine | 2022 | 5 438 434 € | 42 | ei kajastu |
| OÜ GranimarRegistrikood 11267901 | Graniidist, marmorist jm looduslikust kivist toodete tootmine | 2006 | 4 651 331 € | 32 | ei kajastu |
| Osaühing LaanetaguneRegistrikood 10441432 | Metsamajandust abistavad tegevused | 1998 | 4 529 188 € | 21 | ei kajastu |
| OÜ Viljandi Vana-ApteekRegistrikood 10070705 | Ravimite jaemüük | 1996 | 4 487 529 € | 14 | ei kajastu |
| OÜ TexorRegistrikood 12568740 | Mootorikütuse jaemüük | 2013 | 4 039 239 € | 10 | ei kajastu |
| Osaühing Mones & TuurRegistrikood 10120573 | Piimatoodete, munade, toiduõli ja -rasva hulgimüük | 1996 | 4 015 205 € | 22 | ei kajastu |
| Tactical Solution OÜRegistrikood 14046945 | Valmistoitude tootmine | 2016 | 3 947 620 € | 6 | ei kajastu |
| osaühing PleksorRegistrikood 10207682 | Käsi-tööriistade ja rauakaupade hulgimüük | 1997 | 3 866 308 € | 23 | ei kajastu |
| OÜ Stone HouseRegistrikood 11379184 | Elamute ja mitteeluhoonete ehitus | 2007 | 3 852 129 € | 22 | ei kajastu |
| Susisasi OÜRegistrikood 14909949 | Ravimite jaemüük | 2020 | 3 849 565 € | 14 | ei kajastu |
| OÜ Pinska PrefabRegistrikood 16124141 | Elamute ja mitteeluhoonete ehitus | 2020 | 3 728 129 € | 22 | ei kajastu |
| Osaühing LogistaRegistrikood 10867023 | Puidu ja ehitusmaterjalide hulgimüügi vahendusteenus | 2002 | 3 428 947 € | 3 | ei kajastu |
| OÜ EleleviRegistrikood 14272593 | Elektrienergia tootmine päikeseenergiast | 2017 | 3 340 646 € | 4 | ei kajastu |
| Elite Logistics OÜRegistrikood 14738554 | Mööbli (v.a madratsite) tootmine | 2019 | 3 287 806 € | 7 | ei kajastu |
| Aktsiaselts Viljandi VeevärkRegistrikood 10185182 | Veekogumine, -töötlus ja -varustus | 1997 | 3 211 768 € | 22 | ei kajastu |
| Aktsiaselts BHCRegistrikood 10249686 | Hüdrauliliste ja pneumaatiliste jõuseadmete tootmine | 1997 | 3 031 765 € | 32 | ei kajastu |
| Viljandi apteegid OÜRegistrikood 14901095 | Ravimite jaemüük | 2020 | 3 012 916 € | 8 | ei kajastu |
| aktsiaselts SovekRegistrikood 10249214 | Torustiku, kütte- ja kliimaseadmete paigaldus | 1997 | 2 987 783 € | 25 | ei kajastu |